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1999 : Janvier : Premier coup de pioche, démolition d'un bunker sur la partie nord du site.
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Mars : Début des opérations d'aménagement du Redoutable et du creusement de la cale sèche destinée à le recevoir. Début des travaux de réhabilitation du Hall des trains. Lancement des missions de production muséographique et scénographique. Mise en place des structures de gestion de La Cité de la Mer. Le cabinet Crayon Noir (Paris) est sélectionné pour proposer à La Cité de la Mer une nouvelle appellation éventuelle, un logo et une charte graphique...
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Juillet : Les missions de production muséographique et scénographique sont lancées et mises en oeuvre par les cabinets Guliver (Paris) et DES (Montréal).
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2000 : Une étape décisive au développement du projet est l'arrivée du Redoutable dans la cale sèche prévue à cet effet le 4 Juillet, dans des conditions de navigation et de manoeuvre qui font honneur au savoir-faire de la Marine Nationale et de la DCN. Un reportage vidéo retrace cet événement sur le site Internet de La Cité de la Mer.
Les travaux de construction du Pavillon des Expositions Permanentes ont démarré durant l'été. Ils devraient au niveau du gros oeuvre, être terminés pour l'automne 2001.
La Communauté Urbaine de Cherbourg a lancé une Délégation de Service Public par appel à la concurrence. Le 21 décembre 2000, le Conseil de CUC choisissait la SEM Cité de la Mer (Société d'Economie Mixte) comme fermier responsable de l'exploitation du site.
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2001 : Mai : Arrivée du directeur scientifique Daniel Bentley
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Juin : Toujours grâce à l'aide de la DCN et de la Marine Nationale, le Bathyscaphe Archimède rejoint La Cité de la Mer en Juin en provenance de Toulon et s'installe définitivement dans la zone d'accueil nord de la Grande Halle. Depuis l'automne, s'expriment dans la Grande Halle rénovée les premières manifestations destinées au plus large public du Cotentin et de la Région.
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2002 : Ouverture de l'ensemble du complexe de La Cité de la Mer.
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2004 : poursuite du programme de réhabilitation de la Gare Maritime Transatlantique et réouverture de la ‘Salle sous douane’ rénovée à l’occasion de la première escale du Queen Mary 2 à Cherbourg
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2006 : inauguration du nouveau terminal croisière sur le pignon sud de la Gare Maritime
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2007 : décembre : La Cité de la Mer accueille son 1 500 000ème visiteur
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2008 : ouverture d’une nouvelle animation ‘on a marché sous la mer’ et inauguration d’un nouvel espace congrès dans les salons de la Gare Maritime